Además de estar involucrado en el trabajo misionero activo, San Francisco Solano ocupó el cargo de custodio de los conventos de su orden en Tucumán y Paraguay, y más tarde fue elegido guardián del convento franciscano en Lima, Perú. En 1610, mientras predicaba en Trujillo predijo las calamidades que iban a caer sobre la ciudad, que fue destruida por un terremoto ocho años más tarde.